1727 kauft der jüdische Händler Moyses Gydeon ein Haus in der Kirschtrasse 11, in dem ein Betsaal eingerichtet wird. 1754 erscheint das Haus in den Quellen als Jundenschul, es gehört den jüdischen Schutzbürger Model Weil. Hier finden neben Gottesdiensten und Zusammenkünften auch die religiösen Unterweisungen der Kinder statt. 1763 wird das Haus in der Kirchstraße 11 Synagoge. Für die wachsende Israelitische Gemeinde wird die alte Synagoge bald zu klein. 1823 errichtet die Gemeinde auf einem Grundstück am Schlossplatz eine neue Synagoge. 1869 wird sie renoviert, vergrößert und mit einem würdevollen Festakt neu einweiht. Bald genügt sie nicht mehr den räumlichen Bedürfnissen der Gemeinde. Eine zweite Renovierung und Erweiterung wird bereits vor dem 1. Weltkrieg geplant, die Bauarbeiten können aber erst 1922 beginnen.
Initiator des zweiten Umbaus ist der damalige Vorsteher des Synagogenrates Simon Veit, der sich große Verdienste um die Israelitische Gemeinde und die Stadt Emmendingen erworben hat. Am 27. Juli 1923 wird die erweiterte Synagoge festlich eingeweiht. Alle Festredner betonen das gute Miteinader der verschiedenen Konfessionen in Emmendingen. Nur 15 Jahre später setzt die Reichspogromnacht dem ein gewaltsames Ende.
Seit 1997 befindet sich im Gebäude Kirchstraße 11 wieder das Büro der 1995 neu gegründeten Jüdischen Gemeinde Emmendingen.